Hola, tienes buenos gustos porque ambas son tortugas espléndidas.
Antes de responder a esa pregunta es conveniente saber algunas características ambientales que son propias del hábitat de cada tortuga, aunque adelantando ya la información y en términos generales, es mejor para una tortuga criarse en un clima que pueda soportar, pero no quiere decir que una especie no pueda adaptarse finalmente a condiciones diferentes a la de su hábitat si creas el espacio adecuado para ella, pero esto requiere de un esfuerzo mayor de tu parte.
Lo cierto es que la decisión va a depender del lugar donde van a ser criadas y la disposición de recrear su hábitat natural. En el caso de la tortuga morrocoy, puede soportar hasta 32 grados centígrados lo cual funciona muy bien en climas mas tropicales y secos, pero las tortuga de caja común solo puede soportar entre 22 a 24 grados centígrados y el espacio debe estar húmedo, así que es necesario mantener esa temperatura, de lo contrario puede enfermarse.
Toma en cuenta que la tortuga de caja común requiere de mayores cuidados y es menos resistente que la tortuga morrocoy, porque esta propensa a sufrir mas enfermedades si el clima supera los 25 grados. Por el contrario la tortuga morrocoy puede adaptarse tanto a temperaturas altas como bajas, siempre y cuando no bajen de 20 grados.